揭批查运动中，全县有500余名领导干部被撤免职，受批斗;300余名一般干部、红旗渠劳模、积极分子被处分;3500余名大、小队干部被撤换;4000余名党员被除名;2200余名全民、集体工人、教师、医务人员、公司职员被无故清退，加上受株连的家属，遭受打击迫害的竟达数万人。1978—1990年间，林县群众不敢说红旗渠、老县委和杨贵好，谁说好，就被扣上为文革“翻案”的帽子被批斗。红旗渠展览馆被撤除，周总理亲自指示制作的红旗渠展示沙盘被毁坏，红旗渠的电影不准演，红旗渠的书不让卖，红旗渠的歌不准唱。直至1996年6月，江泽民视察红旗渠时，点名要见任羊成，市、县一些领导仍然从中阻挠，不准任羊成等劳模露面，只是在江泽民一再坚持下，他们才慌忙采取紧急措施，用车把远在古城的任羊成接回来，与江泽民见面。江泽民听到任羊成反映情况后，亲自批示查证林县清查运动旧案，也被省市县个别领导弄虚作假，欺上瞒下，蒙混过关。新华社穆青要采访红旗渠劳模，被市、县委领导予以拒绝，还说：即使见了，也不准上报上电视。当时的县委书记王xx对宣传过红旗渠的记者、作家、诗人极为不满，曾在大会上公开叫骂：“什么山呀(指作家华山)，什么川呀(指诗人郭小川)，什么小说呀，长诗呀，他妈的都是为杨贵树碑立传!”在林县，在安阳地区，甚至全河南省，形成了“莫谈红旗渠”，“谈红旗渠色变”的气氛。

　　在政治上妖魔化红旗渠，打击迫害修建红旗渠英模和功臣的同时，当时的地、县领导，反而大加提拔重用那些一贯仇视和反对修建红旗渠的人。雷xx、栗xx、靳xx就是这种人。这几个人本来是“文革”中反杨贵、反红旗渠的另一派群众组织的头目，在“文革”中多次挑起武斗，抢劫武装部军火仓库，大搞打、砸、抢，制造多起流血事件，造成50余人死亡，却被当时的地、县领导作为依靠对象，三个派性头头不但进了县委常委，而且掌控了全县“揭批查”运动大权，随后又将50多个此类头目提拔安插到各公社、局委担任领导。无怪当时群众惊呼“林县变天了!”“林县有三怪：修渠人遭迫害，反渠人高官戴，上级领导不理睬!”

　　这种疯狂的反攻倒算活动，不仅仅停留在从政治上砍掉红旗渠这面红旗，而且在一锅端掉坚持毛主席革命路线，坚持社会主义道路，坚持修建红旗渠的林县老县委，在打翻修建红旗渠英模，在极力妖魔化红旗渠，极力抹杀红旗渠精神的同时，开始对红旗渠实体进行破坏活动，妄图从地球上彻底抹掉这一奇迹。

　　要摧毁红旗渠，砍红旗的人首先想到截断红旗渠的水源。这是釜底抽薪的阴狠招术。1978年8月底，县委书记王xx和那个混进县常委的打砸抢群众组织头目雷xx窜到山西平顺县，大肆渲染林县揭批杨贵的“战果”，说什么杨贵和平顺县委书记李顺达多年相互勾结，林县问题的根子是杨贵，平顺县问题的根子是李顺达，而杨贵问题的根本问题，杨、李勾结的根本问题是红旗渠，林、平两县要联起手来肃清杨、李的流毒。他们此行，破坏了两县以红旗渠为纽带结下的友好关系，骟起了地方保护主义的不良情绪，破坏了红旗渠源头的和谐稳定局面，在当地干部群众中造成恶劣影响。当地一位曾支持过红旗渠建设的老党员说：林县人自己都批起杨贵和红旗渠了，红旗渠不吃香了，过去两县关系好，共同维护红旗渠，今后做事只要对咱当地有利，管它红旗渠受不受危害了。这个囗子一开，加之私有化全面推进，红旗渠源头乱套了。

　　从1984年起，山西平顺县在林县永久买断的地段上，先后建了两个水电站，引水渠就建在红旗渠首的拦河坝内，截流红旗渠水源4个流量，每年引走1.26亿立方水，相当于现在修建的马家岩水库兴利库容量的五倍多，用过的水白白流入漳河。时任红旗渠管理处负责人彭美中得知此讯，忧心如焚，连续5次向县委书记反映此事，那个领导竟然批评说：“没有你吃的饭，还是不发给你工资?你管这闲事干什么?”红旗渠特等劳模任羊成多次找这个领导要求拿出解决方案，都被拒之门外，理都不理，甚至视为“找事”。实际上，这些仇视红旗渠的人巴不得红旗渠水断渠干，正好佐证他们加到红旗渠头上的罪名。他们上台以后的第一要务，就是全面废除红旗渠的有效管理，红旗渠成了一个没娘的孩子，愿打愿骂随你的便。一些受私有化毒害的人开始从渠道上找“利”，有人扒去渠岸上的石块建房、垒猪圈，有的在渠底的淤泥上开荒种地。红旗渠上许多建筑物遭破坏，许多石碑被砸毁，就连习仲勋的题词石碑也被砸断后扔到粪堆里。山西、河北与林县争抢水源，争纷不断。渠上游开了24个放水囗，8个大虹吸管道。除此之外，不少人在上游主干渠上任意扒口放水，用完水也不关闸堵囗，任渠水哗哗流入山涧，无人敢管。经常有人半夜三更去砸渠管所的门，寻衅闹事，敲诈钱财，门都砸坏了，无人敢惹。甚至有人在两处炸毁红旗渠岸，震惊全国。现在红旗渠水流量只是原来的六分之一，甚至出现汛期断流现象，灌溉面积由60万亩下降到29万亩，用水由不要一分钱变为每年向山西交水费数百万元，一手交钱，一手放水。林县每年还要给红旗渠主干渠流经的重点村庄送上几万元慰问金。抛弃社会主义协作精神后，红旗渠步履维艰，命运堪忧。

　　红旗渠技改工程受到空前阻力。红旗渠历经半个世纪的风雨剥蚀，加之人为破坏，已是遍体鳞伤，亟待修复加固，而失去集体经济支撑后的今天，难有昔日自力更生的志气，地方政府拿不出修复资金，只好伸手向国家要钱。2008年12月，由国家投资3200万元(拉内需、保增长资金)，地方配套400万元，正式启动了红旗渠修复技改工程。但该工程遇到了难以想像的阻力。由于抛弃社会主义协作精神后，地方保护主义抬头，在只讲本地利益的今日行情下，山西省针对该工程提出许多附加条件，仅协调工作就做了2个多月，在国家几个部门的强力干预下，才得以开工。工程由国家武警水电第二总队承包。这是工程能够正常运行的一个强力保障，也是工程质量得以保证的重要条件。若非武警部队开赴工地，技改工程还不知何年何月竣工。然而，工程施工还是遇到了数不清的麻烦。主干渠所经之地的山西群众，经过“人不为己，天诛地灭”等“普世”毒水的浸泡，再不是过去无私援助的群众了。一些人讨要运输车辆的“过路钱”;一些当地车主提出运料必须雇用他们的车辆;还有一些与林县有经济纠纷的商户，乘机协迫林县政府让利解决。这些人一律狮子大张口，不达目的就阻断道路。数不清的人为障碍，使得工程进度一波三折，十分缓慢。