一般在管道压力试验合格后进行清洗。对于管内杂物较多的管道系统，可在压力试验前进行清洗。
        清洗前，应将管道系统的流量孔板、滤网、温度计、调节阀阀芯、止回阀阀芯，Y型过滤器等过滤器的滤芯折除，等清洗合格后再重新装上。冲洗时，以系统内可能达到的最大压力和流量（不小于1.5m/s）进行，直到出水口的透明度与入口处目测一致为合格。合格后，再循环试运行2小时以上，且水质正常后才能与制冷机组、空调设备相贯通；
        在空调冷却水系统和冷冻水系统中循环水易产生水垢、腐蚀、污垢和茵藻等，水垢的危害有：使传热效率下降；过水断面减小，以致增加了水阻力，减小水流量；不均匀的沉淀物也会造成局部腐蚀，为此，进入系统的水源必须符合水质的要求，否则，就应进行水处理，水处理的设备主要有：DH系列水处理器和JMR全自动软水器。
        当循环水质达不到要求时，循环冷却水处理主要是解决循环冷却水的结垢、腐蚀、污垢和微生物的问题。具体地说，控制腐蚀率要小于0.125(mm/a);年污垢系数要达到0.00017~0.00025㎡*K/W,每毫升水的厌养茵数小于是1000个。为了达到上述要求，要适当投加阻垢剂，以防止结垢，投加缓蚀剂以防止腐蚀，用剥离杀生剂来消灭微生物。但是，情况并不是很简单的，因为影响因素很多，例如补充水质、循环水浓缩倍数、循环水水质、流速、换热器结构与材料、工艺介质渗漏及水温等，各厂都有不同。因此，因此，循环冷却水处理的药剂配方也不相同。首先要控制Ca离子的含量使水软化。
        离子交换树脂法：让水通过阳离子交换树脂，利用树脂的特性，将Ca离子呼附在树脂上。达到除Ca离子的目的。
        投加阻垢剂：碳酸钙等水垢从水中析出的过程，就是微溶性盐从溶液中结晶沉淀的一种过程，因此，如能投加某此阻垢剂，破坏其结晶的增长，就可达到控制水垢形成的目的。常用的阻垢剂有聚磷酸盐、磷酸盐、磷酸酯类、聚合电解质、分散剂等，其反应原理是将水中的钙离子与阻垢剂形成 合物，破坏了碳酸钙等到晶体的正常生长过程，从而阻止了碳酸钙水垢的形成。聚磷酸盐还有缓蚀作用。
        投加缓蚀剂：缓蚀剂的种类很多，应用比较广泛，一般可分为无机缓蚀剂，如铬酸盐、亚****盐、磷酸盐、硅酸盐、钼酸盐、锌酸；有机缓蚀剂，如硫脲、磷酸等。缓蚀剂的作用是能使金属表面形成各种不同的膜，有氧化膜、沉淀膜和吸附膜。
        投加杀生剂：在循环冷却水系统中，水的温度和PH值的范围恰好适合多种微生物生长，而且随着水的浓缩，使冷却水中的营养源增加，再加上冷却池常落置在室外，阳光充足，因此给微生物提供了良好的条件。由于微生物的繁殖而引起的危害必须给予重视。
        当补水进入系统前，预先经过过滤处理，可以除去水中的藻类等悬浮物质，对循环水也可用过滤法去除悬浮的藻类、混蚀物等。在循环冷却水系统中，投加杀生剂是止前抑制微生物的通行办法。杀生剂可分为氧化性和非氧化性两大类。氧化性是一种强氧化剂，如臭氧等，非氧化性杀生剂的效果要好，一般有氯代苯酚。